Les pèlerins cherchaient à se faire enterrer dans cette terre consacrée, et au XVe siècle, le cimetière était saturé. En 1511, un moine cistercien à moitié aveugle exhuma et empila les ossements à l'intérieur de la chapelle, où ils restèrent dans six ossuaires pyramidaux jusqu'en 1870, date à laquelle František Rint, un sculpteur sur bois de Česká Skalice, fut chargé par la famille Schwarzenberg d'organiser les restes en formes décoratives. Rint blanchit, tria et articula chaque os, construisant un lustre qui incorpore au moins un exemplaire de chaque os du corps humain, quatre pyramides d'angle qui s'élèvent à trois mètres de haut, et un blason des Schwarzenberg entièrement réalisé en fémurs, côtes et vertèbres.
L'ossuaire de Sedlec demeure une chapelle en activité au sein de l'église du cimetière de Tous-les-Saints, qui fait partie de l'ancien complexe de l'abbaye de Sedlec, autrefois rivale de Prague en richesse et en influence. Les visiteurs entrent par une petite porte baroque sous l'église aux deux flèches, descendent des marches en pierre vers la crypte voûtée et émergent dans une chambre où les lustres projettent des ombres à travers des guirlandes squelettiques. La réputation d'étrange curiosité macabre de l'ossuaire occulte sa fonction de memento mori, une méditation gothique sur la mortalité ancrée dans la pratique dévotionnelle catholique. Les arrangements de Rint sont précis plutôt que grotesques, chaque crâne étant nettoyé et positionné pour former des motifs géométriques qui rappellent les voûtes nervurées au-dessus.
Kutná Hora, site classé au patrimoine mondial de l'UNESCO situé à treize kilomètres au sud-est de l'ossuaire, s'est enrichi grâce aux mines d'argent au XIVe siècle et a frappé le groschen de Prague, la monnaie médiévale qui a financé la transformation de Prague sous Charles IV. Le déclin de la ville après l'inondation des mines au XVIe siècle a permis de préserver son noyau gothique, et aujourd'hui l'ossuaire de Sedlec ancre un ensemble de monuments, dont la cathédrale de l'Assomption de Notre-Dame et de Saint-Jean-Baptiste, un chef-d'œuvre baroque conçu par Giovanni Santini-Aichel. Les visites de l'ossuaire de Sedlec au départ de Prague combinent généralement l'église des ossements avec le centre historique de Kutná Hora, bien que les visiteurs indépendants arrivant tôt évitent la foule des bus touristiques de milieu de journée qui s'entassent dans la petite chapelle entre onze heures et deux heures. L'ossuaire ouvre à neuf heures, et la première heure offre un passage calme à travers l'œuvre la plus complexe de Rint, incluant un ostensoir façonné à partir d'os du bassin et une signature sculptée à partir d'os de doigts dans le coin nord-est de la chapelle. Les efforts de conservation financés par le droit d'entrée de 220 CZK luttent contre les dommages causés par l'humidité qui menacent les os les plus anciens, dont certains remontent aux sépultures de la peste en 1318.
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